在反滲透膜系統(tǒng)運行過程中，脫鹽率和產(chǎn)水量的下降是常見的故障，反滲透膜元件進水流道的堵塞并伴隨著組件壓差的增加是另一類典型的故障。如果脫鹽率和產(chǎn)水量較平緩地下降，這就表明系統(tǒng)存在正常的污堵，它可以通過恰當(dāng)和定期的化學(xué)清洗來解決。而反滲透膜元件快速或突然的性能下降表明系統(tǒng)有缺陷或誤操作，盡早采取相應(yīng)的措施。同時對產(chǎn)水流量和脫鹽率的數(shù)值進行標(biāo)準(zhǔn)化，以便于對系統(tǒng)的性能作出正確的判斷。 

反滲透膜污染是一個十分棘手的問題，它不但會造成系統(tǒng)的產(chǎn)水量降低，脫鹽率下降，同時會增加系統(tǒng)操作壓力，間接造成運行成本增加。常見的膜污染物包括有機物/膠體污染，微生物污染，無機結(jié)垢污染等。

有機物/膠體污染：進水中有機物吸附在反滲透膜元件表面，會造成通量的損失，常發(fā)生在系統(tǒng)第一段，造成產(chǎn)水量下降，一段壓差增加，打開一段反滲透膜殼進水側(cè)，會發(fā)現(xiàn)膜元件端面有粘稠狀污染物。 

微生物污染：常發(fā)生在系統(tǒng)第一段，造成產(chǎn)水量下降，脫鹽率下降，一段壓差增加，打開一段膜殼進水側(cè)檢查，會發(fā)現(xiàn)粘稠狀污染物，并伴有腥臭味。生物污堵嚴(yán)重時會引起反滲透膜系統(tǒng)前段壓降的顯著增加，對進水水流產(chǎn)生極高的阻力，容易造成反滲透膜元件進水端產(chǎn)生望遠(yuǎn)鏡現(xiàn)象，而在濃水端發(fā)生格網(wǎng)沖出現(xiàn)象。 

絮凝劑/阻垢劑污染：當(dāng)聚合有機阻垢劑與多價陽離子如鋁或殘留聚合陽離子絮凝劑相遇時，將會形成膠狀沉淀，嚴(yán)重污染前段的反滲透膜元件。常發(fā)生在系統(tǒng)第一段，造成產(chǎn)水量下降，一段壓差增加，對于聚鋁類污染，保安過濾器濾芯以及膜端面上會存在黃色。 

無機垢類污染：結(jié)垢是微溶或難溶鹽類的沉淀或沉積的水化學(xué)問題，一般出現(xiàn)在未設(shè)置恰當(dāng)?shù)念A(yù)處理而且回收率偏高的系統(tǒng)。結(jié)垢常發(fā)生在系統(tǒng)的后一段，造成壓差增加，產(chǎn)水量下降。打開二段膜殼會發(fā)現(xiàn)有大量結(jié)晶物沉積在膜殼適配器以及膜元件上。